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这个问题比较复杂，一是各地政策有差异；二是与历史遗留问题有纠葛；三是处罚本身也是个技术活。举个完整的实例来说比较好：
为进一步规范违法建设行政处罚行为，维护城乡规划的严肃性，依据《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国行政处罚法》、《成都市城乡规划条例》等法律、法规，结合我市实际，对建筑项目规划核实阶段行政处罚的工作要求通知如下：
一、 适用范围
本通知适用于我市锦江、青羊、金牛、武侯、成华等五城
区（含高新区）区域内，同时满足下列两个条件的建筑项目的行政处罚：
（一）2010年9月1日前取得建设工程规划许可证的建筑项目。
（二）建筑项目建成后，其建筑平面布局、层数、高度等实
体建设符合规划要求，但实际建筑面积超出建设工程规划许可证及其附件、附图确定的建筑面积的。
二、处理规则
（一）实际计入容积率建筑面积（以下简称“实际计容面积”）超出建设工程规划许可证及其附件、附图确定的计入容积率建筑面积（以下简称“规划许可计容面积”）的处理规则。
1. 2010年9月1日前取得建设工程规划许可证的建筑项目，实际计容面积超出规划许可计容面积的比例小于等于3%的，按以下规则处理：
（1）实际计容面积超出规划许可计容面积小于等于300㎡的，可直接办理建设工程规划合格证；
（2）实际计容面积超出规划许可计容面积大于300㎡小于等于600㎡的，按超出规划许可计容面积的建设工程造价的5%处以罚款；
（3）实际计容面积超出规划许可计容面积大于600㎡小于等于900㎡的，按超出规划许可计容面积的建设工程造价的7%处以罚款；
（4）实际计容面积超出规划许可计容面积大于900㎡的，按超出规划许可计容面积的建设工程造价的10%处以罚款。
2.2008年9月1日前取得建设工程规划许可证的建筑项目， 实际计容面积超出规划许可计容面积的比例大于3%小于等于5%的，按超出规划许可计容面积的建设工程造价的10%处以罚款；实际计容面积超出规划许可计容面积的比例大于5%的，按违法建设工程造价的10%处以罚款。
3．2008年9月1日至2010年9月1日期间取得建设工程规划许可证的建筑项目，实际计容面积超出规划许可计容面积的比例大于3%的，按违法建设工程造价的10%处以罚款。
（二）地下实际建筑面积超出建设工程规划许可证及其附件、附图确定的建筑面积，且地下建筑为商业服务业用途的，按超出建设工程规划许可证确定的建筑面积的建设工程造价的5%处以罚款。
三、建设工程造价的核定
建设工程造价按市建设行政主管部门备案的建筑工程施工合同造价核定；若备案合同造价低于市建设工程造价管理站公布的房屋建筑工程建安造价更低控制指标的，其建设工程造价按房屋建筑工程建安造价更低控制指标执行。
四、出具容积率变化情况的函
根据市国土局、市规划局关于增加容积率补缴土地出让收入有关规定，实际计容面积超出规划许可计容面积的建筑项目，市规划局在核发《建设工程规划合格证》时，应向市国土局出具容积率变化情况的函。
五、诚信管理
凡被行政处罚的建筑项目，纳入城乡规划信用信息管理，按照《成都市规划管理局城乡规划信用管理规定》要求，对建设单位和建筑设计单位作出相应处理，并抄告市建设行政主管部门和市工商行政主管部门。
六、附则
（一）各区（市）县规划行政主管部门可参照本通知执行。
（二）五城区（含高新区）区域内A类公共管理和公共服务设施用地及M类工业用地上修建的建筑项目，不适用于本通知。
（三）本通知自公布30日后执行，有效期2年。